Relations entre les coordonnées cartésiennes et les coordonnées réduites

Voici un document pdf (et le fichier tex source) qui donne les relations entre les coordonnées cartésiennes d’un repère orthonormé (Oijk sur la figure) et les coordonnées réduites dans le repère cristallin (Oabc). Ces relations sont assez utiles, en pratique, pour passer des coordonnées réduites aux coordonnées cartésiennes.

Coordonnées réduites et cartésiennes

coord_abc_xyz.pdf

Fichier sources si vous souhaitez l’adapter : coord_abc_xyz.tex

Conditions périodiques aux limites

Schéma représentant les conditions périodiques aux limites couramment utilisées dans les simulations en phase condensée. Les molécules d’eau sons des fichiers png (4 fichiers) qui sont contenus dans l’archive.

Conditions périodiques aux limites

Fichier source : periodic_bound.tex

Fichier pdf : periodic_bound.pdf

Fichier zip avec les images

Diagramme de Perrin-Jablonski

Schéma de Perrin-Jablonski, représentant les niveaux électroniques et vibrationnels d’une molécule ainsi que les transitions radiatives ou non radiatives pouvant se produire.

Schéma de Perrin-Jablonski

Fichier source : jablonski.tex

Fichier pdf : jablonski.pdf

Icônes pour un cours : cours.sty

Ce paquet définit un jeu de quatre icones (ci-contre), créés avec Tikz. Associé à chaque icone, le paquet met à disposition trois environnements : question, remarque et attention qui disposent le texte en couleur avec l’icone sur la gauche.

Icones pour les cours

cours.sty : le package.

exemple_cours.tex : fichier exemple

exemple_cours.pdf : fichier pdf de exemple_cours.tex

Cargol : un code de dynamique moléculaire classique

Logo cargol

Cargol est un code séquentiel de dynamique moléculaire écrit en C. Ce code se limite à la simulation de fluides ou de solides composés de particules identiques à un seul centre de force et dont les interactions sont modélisées par un potentiel Lenard Jones. Beaucoup de codes de simulation moléculaire plus complet et bien plus efficace existent et ce code n’a pas d’intérêt dans la production de résultats scientifiques.

Le seul avantage de Cargol est sa simplicité. L’ensemble du code contient seulement une vingtaine de fonctions. On peut alors facilement soit découvrir le contenu minimum d’un code de simulation de dynamique moléculaire classique de fluides simples (conditions périodiques, listes de verlet, calcul des forces de paires, algorithme de verlet), soit utiliser le code pour développer et tester de nouvelles méthodes de simulations ou algorithme avant de les porter dans un code plus abouti. Par ailleurs il n’est pas garantie sans bugs.

Pour l’instant il n’y a pas vraiment de documentation, ça viendra peut être plus tard. Lisez le fichier README dans l’archive ci-dessous qui contient également des fichiers d’input. Toutes remarques, suggestions, conseils et retour de bugs sont les bienvenus.

Sources du code cargol (02/03/2010)