Critère de liaison hydrogène

En simulation classique, on utilie un critère géométrique pour savoir si une liaison hydrogène existe ou pas. Ce critère est résumé sur ce schéma.

Critère de liaison hydrogène

Fichier source : schema_LH.tex

Fichier pdf : schema_LH.pdf

Conditions périodiques aux limites

Schéma représentant les conditions périodiques aux limites couramment utilisées dans les simulations en phase condensée. Les molécules d’eau sons des fichiers png (4 fichiers) qui sont contenus dans l’archive.

Conditions périodiques aux limites

Fichier source : periodic_bound.tex

Fichier pdf : periodic_bound.pdf

Fichier zip avec les images

How To VMD : Visual Molecular Dynamics

VMD est un programme de visualisation moléculaire particulièrement adapté pour visualiser, faire des animations et analyser des systèmes biomoléculaires de grandes tailles. C’est un programme gratuit et disponnible sous Mac, Linux et windows.

site officiel (en)

Vous pouvez télécharger ci-dessous un tutorial en français qui se présente sous la forme de questions/réponses permettant de débuter avec VMD. Ce document est loin d’être complet et il est donc
fortement conseillé de consulter le manuel officiel. Toutes les remarques, suggestions et ou contributions sont les bienvenues.

Tutorial VMD

Cargol : un code de dynamique moléculaire classique

Logo cargol

Cargol est un code séquentiel de dynamique moléculaire écrit en C. Ce code se limite à la simulation de fluides ou de solides composés de particules identiques à un seul centre de force et dont les interactions sont modélisées par un potentiel Lenard Jones. Beaucoup de codes de simulation moléculaire plus complet et bien plus efficace existent et ce code n’a pas d’intérêt dans la production de résultats scientifiques.

Le seul avantage de Cargol est sa simplicité. L’ensemble du code contient seulement une vingtaine de fonctions. On peut alors facilement soit découvrir le contenu minimum d’un code de simulation de dynamique moléculaire classique de fluides simples (conditions périodiques, listes de verlet, calcul des forces de paires, algorithme de verlet), soit utiliser le code pour développer et tester de nouvelles méthodes de simulations ou algorithme avant de les porter dans un code plus abouti. Par ailleurs il n’est pas garantie sans bugs.

Pour l’instant il n’y a pas vraiment de documentation, ça viendra peut être plus tard. Lisez le fichier README dans l’archive ci-dessous qui contient également des fichiers d’input. Toutes remarques, suggestions, conseils et retour de bugs sont les bienvenus.

Sources du code cargol (02/03/2010)

Ma thèse en quelques mots

Étude théorique de processus photophysiques dans des protéines fluorescentes

Intensité de fluorescence

Cette thèse présente une étude théorique de protéines de la famille de la Green Fluorescent Protein, GFP. Ces protéines permettent grâce à leur propriétés de fluorescence d’explorer un nombre croissant de processus biologiques in vivo. Les approches numériques, complémentaires aux études expérimentales, peuvent apporter une compréhension microscopique des processus mis en jeu et contribuer à l’interprétation des propriétés photophysiques de ces protéines.

La première partie de ce manuscrit présente l’étude par simulation moléculaire de l’effet du changement de pH sur la structure de la Cerulean et sur son spectre d’absorption. Ces calculs nous ont permis d’établir que le décalage du spectre d’absorption, observé expérimentalement en fonction du pH, est dû à une isomérisation du chromophore liée au changement de l’orientation de la chaîne latérale d’un acide aminé proche.

CFP

La deuxième partie de ce manuscrit aborde l’étude d’un mécanisme de désactivation de la fluorescence dans la GFP. Nous avons proposé une approche, combinant des simulations de dynamique moléculaire biaisée et de dynamique brownienne, afin de déterminer la cinétique d’un mécanisme de désactivation de la fluorescence lié à une torsion du chromophore. Nous avons pu obtenir des distributions de temps de nème passage aux géométries critiques et en déduire des informations quantitatives sur le déclin de fluorescence.

Les outils développés et leurs futurs développements permettront de progresser dans la compréhension de la relation entre l’isomérisation du chromophore, le pH et le déclin de la fluorescence qui sont étroitement liés dans les protéines fluorescentes.

Manuscrit de thèse

Version imprimable du manuscrit de thèse (liens non colorés).

Ces travaux ont été réalisés en utilisant différentes méthodes de simulations numériques : Simulations de dynamiques moléculaires (AMBER), calculs de chimie quantique (Gaussian), codes personnels (Fortran 77/90).