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Cargol : un code de dynamique moléculaire classique

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Cargol est un code séquentiel de dynamique moléculaire écrit en C. Ce code se limite à la simulation de fluides ou de solides composés de particules identiques à un seul centre de force et dont les interactions sont modélisées par un potentiel Lenard Jones. Beaucoup de codes de simulation moléculaire plus complet et bien plus efficace existent et ce code n’a pas d’intérêt dans la production de résultats scientifiques.

Le seul avantage de Cargol est sa simplicité. L’ensemble du code contient seulement une vingtaine de fonctions. On peut alors facilement soit découvrir le contenu minimum d’un code de simulation de dynamique moléculaire classique de fluides simples (conditions périodiques, listes de verlet, calcul des forces de paires, algorithme de verlet), soit utiliser le code pour développer et tester de nouvelles méthodes de simulations ou algorithme avant de les porter dans un code plus abouti. Par ailleurs il n’est pas garantie sans bugs.

Pour l’instant il n’y a pas vraiment de documentation, ça viendra peut être plus tard. Lisez le fichier README dans l’archive ci-dessous qui contient également des fichiers d’input. Toutes remarques, suggestions, conseils et retour de bugs sont les bienvenus.

Sources du code cargol (02/03/2010)

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