Quickly plot colormap or a color palette with matplotlib

I present here simple convenient functions to plot a matplotlib colormap or a color palette.

The source codes of the functions are available on this gist.

For colormaps

You can use either its name or the matplotlib.cm.colormap object.

This is how to use the function :

fig = plot_cmap("summer", 6)

or

fig = plot_cmap(plt.cm.summer, 6)

And you will get :

cm

The source code
import matplotlib.pyplot as plt
 
def plot_cmap(cmap, ncolor):
    """ 
    A convenient function to plot colors of a matplotlib cmap
 
    Args:
        ncolor (int): number of color to show
        cmap: a cmap object or a matplotlib color name
    """
 
    if isinstance(cmap, str):
        try:
            cm = plt.get_cmap(cmap)
        except ValueError:
            print("WARNINGS :", cmap, " is not a known colormap")
            cm = plt.cm.gray
    else:
        cm = cmap
 
    with mpl.rc_context(mpl.rcParamsDefault):
        fig = plt.figure(figsize=(6, 1), frameon=False)
        ax = fig.add_subplot(111)
        ax.pcolor(np.linspace(1, ncolor, ncolor).reshape(1, ncolor), cmap=cm)
        ax.set_title(cm.name)
        xt = ax.set_xticks([])
        yt = ax.set_yticks([])
    return fig

For a list of colors

This is how to use the function :

colors = ["#9b59b6", "#3498db", "#95a5a6", "#e74c3c", "#34495e", "#2ecc71"]
show_colors(colors)

And you will simply get a square for each color :

example

The source code
import matplotlib.pyplot as plt
 
def show_colors(colors):
    """
    Draw a square for each color contained in the colors list
    given in argument.
    """
    with plt.rc_context(plt.rcParamsDefault):
        fig = plt.figure(figsize=(6, 1), frameon=False)
        ax = fig.add_subplot(111)
        for x, color in enumerate(colors):
            ax.add_patch(
                mpl.patches.Rectangle(
                    (x, 0), 1, 1, facecolor=color
                )
            )
        ax.set_xlim((0, len(colors)))
        ax.set_ylim((0, 1))
        ax.set_xticks([])
        ax.set_yticks([])
        ax.set_aspect("equal")
 
    return fig

Color scale and color maps with python

Treemaps plot using matplotlib and python

Here is an example of a treemap plot using python, matplotlib and the squarify module.

The data comes from the open data of the Communauté d’Agglomération Pau-Pyrénées.

The idea is the following :

  • The area of each square is the surface area of the towns
  • The color scale is over the population in 2011

Source code :

Gist code here !

Output

treemap_capp_pau

Other version

Here is an other version where Pau is present. Nevertheless, I draw a white square background because the population of Pau is huge compared to other towns and thus I did not include it in the color scale.

treemap_capp_pau

Bands diagram using VASP and pymatgen

This article presents a python source code in order to plot the bands diagram of graphene calculated using VASP. The plot is done using pymatgen library and RGB coloring adapted from this example. Here is the output obtained with the script :

Graphene bands diagram
Graphene bands diagram

On the band diagram, the contribution of s, (px,py) and pz atomic orbital is map on a RGB scale. Red is associated to a s contribution, green to (px, py) contribution and blue to pz contribution. The same function or procedure can be used to map atomic contributions on the band diagram.

At the end of the article you can find a tarball containing all VASP input/ouput files and the python source code. This calculation is not accurate and is used only for band diagram plotting illustration. For example, you can see a short gap on the DOS which does not exist.

Edit 2016, March 15, update : source code is now python3 and pymatgen version 3.3.5 compatible. You can find the below scripts in an up to date version on github : bandstructureplots

#!/usr/bin/env python
# -*- coding=utf-8 -*-
 
import sys
 
import numpy as np
from numpy import array as npa
 
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.collections import LineCollection
from matplotlib.gridspec import GridSpec
 
import pymatgen as mg
from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun, Procar
from pymatgen.symmetry.bandstructure import HighSymmKpath
from pymatgen.electronic_structure.core import Spin, Orbital
 
 
def rgbline(ax, k, e, red, green, blue, alpha=1.):
    # creation of segments based on
    # http://nbviewer.ipython.org/urls/raw.github.com/dpsanders/matplotlib-examples/master/colorline.ipynb
    pts = np.array([k, e]).T.reshape(-1, 1, 2)
    seg = np.concatenate([pts[:-1], pts[1:]], axis=1)
 
    nseg = len(k) - 1
    r = [0.5 * (red[i] + red[i + 1]) for i in range(nseg)]
    g = [0.5 * (green[i] + green[i + 1]) for i in range(nseg)]
    b = [0.5 * (blue[i] + blue[i + 1]) for i in range(nseg)]
    a = np.ones(nseg, np.float) * alpha
    lc = LineCollection(seg, colors=list(zip(r, g, b, a)), linewidth=2)
    ax.add_collection(lc)
 
if __name__ == "__main__":
    # read data
    # ---------
 
    # kpoints labels
    path = HighSymmKpath(mg.Structure.from_file("./opt/CONTCAR")).kpath["path"]
    labels = [r"$%s$" % lab for lab in path[0][0:4]]
 
    # bands
    bands = Vasprun("./bands/vasprun.xml").get_band_structure("./bands/KPOINTS", line_mode=True)
 
    # projected bands
    data = Procar("./bands/PROCAR").data
 
    # density of state
    dosrun = Vasprun("./dos/vasprun.xml")
 
    # set up matplotlib plot
    # ----------------------
 
    # general options for plot
    font = {'family': 'serif', 'size': 24}
    plt.rc('font', **font)
 
    # set up 2 graph with aspec ration 2/1
    # plot 1: bands diagram
    # plot 2: Density of State
    gs = GridSpec(1, 2, width_ratios=[2, 1])
    fig = plt.figure(figsize=(11.69, 8.27))
    fig.suptitle("Bands diagram of graphene")
    ax1 = plt.subplot(gs[0])
    ax2 = plt.subplot(gs[1])  # , sharey=ax1)
 
    # set ylim for the plot
    # ---------------------
    emin = 1e100
    emax = -1e100
    for spin in bands.bands.keys():
        for b in range(bands.nb_bands):
            emin = min(emin, min(bands.bands[spin][b]))
            emax = max(emax, max(bands.bands[spin][b]))
 
    emin -= bands.efermi + 1
    emax -= bands.efermi - 1
    ax1.set_ylim(emin, emax)
    ax2.set_ylim(emin, emax)
 
    # Band Diagram
    # ------------
 
    # sum up contribution over carbon atoms
    data = data[Spin.up].sum(axis=2)
 
    # sum up px and py contributions and normalize contributions
    contrib = np.zeros((bands.nb_bands, len(bands.kpoints), 3))
    for b in range(bands.nb_bands):
        for k in range(len(bands.kpoints)):
            sc = data[k][b][Orbital.s.value]**2
            pxpyc = data[k][b][Orbital.px.value]**2 + \
                data[k][b][Orbital.py.value]**2
            pzc = data[k][b][Orbital.pz.value]**2
            tot = sc + pxpyc + pzc
            if tot != 0.0:
                contrib[b, k, 0] = sc / tot
                contrib[b, k, 1] = pxpyc / tot
                contrib[b, k, 2] = pzc / tot
 
    # plot bands using rgb mapping
    for b in range(bands.nb_bands):
        rgbline(ax1,
                range(len(bands.kpoints)),
                [e - bands.efermi for e in bands.bands[Spin.up][b]],
                contrib[b, :, 0],
                contrib[b, :, 1],
                contrib[b, :, 2])
 
    # style
    ax1.set_xlabel("k-points")
    ax1.set_ylabel(r"$E - E_f$   /   eV")
    ax1.grid()
 
    # fermi level at 0
    ax1.hlines(y=0, xmin=0, xmax=len(bands.kpoints), color="k", lw=2)
 
    # labels
    nlabs = len(labels)
    step = len(bands.kpoints) / (nlabs - 1)
    for i, lab in enumerate(labels):
        ax1.vlines(i * step, emin, emax, "k")
    ax1.set_xticks([i * step for i in range(nlabs)])
    ax1.set_xticklabels(labels)
 
    ax1.set_xlim(0, len(bands.kpoints))
 
    # Density of state
    # ----------------
 
    ax2.set_yticklabels([])
    ax2.grid()
    ax2.set_xticks(np.arange(0, 1.5, 0.4))
    ax2.set_xticklabels(np.arange(0, 1.5, 0.4))
    ax2.set_xlim(1e-6, 1.5)
    ax2.hlines(y=0, xmin=0, xmax=1.5, color="k", lw=2)
    ax2.set_xlabel("Density of State")
 
    # s contribution
    ax2.plot(npa(dosrun.pdos[0][Orbital.s][Spin.up]) +
             npa(dosrun.pdos[1][Orbital.s][Spin.up]),
             dosrun.tdos.energies - dosrun.efermi,
             "r-", label="s", linewidth=2)
 
    # px py contribution
    ax2.plot(npa(dosrun.pdos[0][Orbital.px][Spin.up]) +
             npa(dosrun.pdos[1][Orbital.px][Spin.up]) +
             npa(dosrun.pdos[0][Orbital.py][Spin.up]) +
             npa(dosrun.pdos[1][Orbital.py][Spin.up]),
             dosrun.tdos.energies - dosrun.efermi,
             "g-",
             label="(px, py)",
             linewidth=2)
 
    # pz contribution
    ax2.plot(npa(dosrun.pdos[0][Orbital.pz][Spin.up]) +
             npa(dosrun.pdos[1][Orbital.pz][Spin.up]),
             dosrun.tdos.energies - dosrun.efermi,
             "b-", label="pz", linewidth=2)
 
    # total dos
    ax2.fill_between(dosrun.tdos.densities[Spin.up],
                     0,
                     dosrun.tdos.energies - dosrun.efermi,
                     color=(0.7, 0.7, 0.7),
                     facecolor=(0.7, 0.7, 0.7))
 
    ax2.plot(dosrun.tdos.densities[Spin.up],
             dosrun.tdos.energies - dosrun.efermi,
             color=(0.6, 0.6, 0.6),
             label="total DOS")
 
    # plot format style
    # -----------------
 
    ax2.legend(fancybox=True, shadow=True, prop={'size': 18})
    plt.subplots_adjust(wspace=0)
 
    # plt.show()
    plt.savefig(sys.argv[0].strip(".py") + ".pdf", format="pdf")

graphene.zip

Hereafter there are two more examples for Cu and Si. The script may be simpler as all data can be extracted using pymatgen methods.

Si_bands.zip

Cu_bands.zip

Bands diagram of copper

Bands diagram of silicon

Outils pour la symétrie moléculaire : théorie des groupes

En chimie et en physique, on utilise les propriétés de symétrie du système pour simplifier la résolution. L’outils mathématiques à la base de l’utilisation de la symétrie en chimie est la théorie des groupes. Le livre « chimie et théorie des groupes » de Paul H. Walton (édition De Boeck) est un ouvrages bien adapté aux chimistes ou physico-chimistes qui désirent découvrir cette approche.

Lorsqu’on utilise la théorie des groupes, une étape primordiale et très mécanique est la décomposition de la représentation d’un groupe en représentation irréductibles de ce groupe (analogue à déterminer les coordonnées d’un vecteur dans une base orthonormée). Le module python ci-dessous permet d’obtenir automatiquement la décomposition. Voici un exemple :

>>> from groupes import c4v
>>> rep = [4, 0, 0, 2, 0]
>>> print(c4v)
 C4v  |     1E      2C4      1C2    2sigma_v 2sigma_d
------------------------------------------------------------
  A1  |     1        1        1        1        1    
  A2  |     1        1        1        -1       -1   
  B1  |     1        -1       1        1        -1   
  B2  |     1        -1       1        -1       1    
  E   |     2        0        -2       0        0
>>> c4v.ordre
8
>>> c4v.reduce(rep)
1 A1 + 1 B1 + 1 E

Je n’ai pas entré tous les groupes ponctuels de symétrie mais uniquement ceux dont j’ai eu besoin pour le moment. Les groupes disponnibles sont :

  • C2v
  • C3v
  • C4v
  • D3h
  • D4h

groupes.py

vasptools : a package for vasp post treatments

Since may 2014, I did not continue the development of vasptools. I strongly recommend you tu use pymatgen instead.

vasptools is a package wrote in python in order to do pre or post treatments of a VASP calculations. This package contains :

  • python modules : vasptools, crystal, myxml, adsorption
  • several script using vasptools module

Scripts and functions read the data into the vasprun.xml file because it contains both input parameters and the results of a calculations. The main features are :

  • extract or plot density of state
  • extract or plot bands
  • get structural data
  • control convergence
  • a tools to put a molecule at a given position on a slab
  • some simple operation on CHGCAR file (split, sum)

You can find the whole documentation here : vasptools documentation.

vasptools.tar.gz (version 58 : 20/03/2013)

If you want to contribute, please contact me.

data2file : write block data into a file with python

Description

This module provide the function d2f. The aim of d2f is to easily write block data into a
file with a given format and in one line. Maybe d2f looks like the fortran command write.

The up to date version is now on github : data2file

The main advantage of d2f is that you can give the format in a compact way and it avoids redondant
syntax. The syntax for format specification is the folowing :

 nxfmt[[;nxfmt];nxfmt]...

as an example is clearer, this syntax

 2x4d;4x10s;8x8.3f

means that you want d2f to write two integers on four columns, then four strings on ten
columns and then height floating numbers on height columns with three digit after the comma.

Syntax

 d2f(blockdata [, name[, fmt[, header[, overwrite]]]])
  • blockdata (list) : list of data, each element of the list in the first direction will be written on the same line.
  • name (string) : output file name. This could be a path
  • fmt (string) : format specification, example : ‘2x4d;4x10s;8×8.3f’
  • header (string) : will be writtend at the top of the output file
  • overwrite (bool) : if True, if the output file exists it will be overwritten

An example

Assume you have three list objects, l1, l2 and l3 and you want to print l1 on the first column, l2 on the second column and l3 on the third column of an output file called "out.dat". First you have to create a block data object. For that the easiest is to use zip(l1, l2, l3). Assume l1 is an integer, and l2 and l3 are floating numbers. You will use fmt="1x5d;2xf10.4" in order to write l1 as an integer on 5 columns and l2 and l3 as floats on 10 column with 4 digit after the comma. Thus simpliest syntax is :

>>> d2f(zip(l1, l2, l3), fmt = "1x5d;2xf10.4")

If you want to precise a file name :

>>> d2f(zip(l1, l2, l3), name = "output.dat", fmt = "1x5d;2xf10.4")

Python et (g)vim

Je donne ici une configuration et des plugins adaptés à l’écriture de code python avec vi. J’utilise la version graphique de vi : gvim. Ce que je propose ici n’est donc peut être pas commode en pratique avec la version terminal de vi.

plugins :

Voici les plugins vi que j’utilise :

  • comments.vim : permet de commenter ou décommenter une ligne ou un groupes de lignes avec les touches ctrl+C ctrl+X. Ce plugin fonctionne avec tout une liste de langage.
  • jpythonfold.vim : ajoute automatiquement des replis pour les classes / méthodes / fonctions de pythons.
  • pyflakes.vim : vérification au fil de l’eau de la syntaxe python. pyflakes agit à la manière d’un correcteur orthographique et souligne en rouge les lignes de codes incorrectes, les variables inutilisées ou non assignées …

Installation :

Dans un premier temps on installe comments.vim et jpythonfold.vim. S’ils n’existent pas créer les dossiers .vim dans votre dossier utilisateur et un sous dossier plugin

mkdir -pv $HOME/.vim/plugin

Copier simplement les fichiers comments.vim et jpythonfold.vim dans le dossier .vim/plugin.

Pour jpythonfold, il est pratique de ne l’activer que lorsque le fichier est un fichier python. Pour cela l’auteur propose de décommenter certaines lignes dans le fichier jpythonfold.vim. C’est aux alentours de la ligne 40. Chez moi ça n’a pas fonctionné. En m’inspirant de ce qui est fait dans comments.vim, je vous propose de mettre ces lignes à la suite de celles proposées en laissant celles qui étaient proposées par l’auteur commentées.

let file_name = buffer_name("%")
if file_name =~ '\.py$'
else
    finish
endif

C’est assez simple à comprendre, si le nom de votre fichier se termine par .py alors le plugin est activé.

Pour installer pyflakes, la procédure est expliquée sur la page du plugin. S’ils n’existent pas créer les dossiers ftplugin et python respectivement dans les dossiers $HOME/.vim et ftplugin :

mkdir -pv $HOME/.vim/ftplugin/python

Après avoir téléchargé l’archive de pyflakes, extraire le contenu dans $HOME/.vim/ftplugin/python. Il faut ensuite activer les ftplugin (pour File Type Plugin) qui assure le chargement du plugins en fonction du fichier considéré. S’il n’existe pas, créer le fichier .vimrc dans votre dossier utilisateur et ajouter la ligne suivante à l’intérieur :

filetype plugin indent on

Configuration supplémentaires de vi

Le fichier .vimrc permet de configurer (g)vim à votre gout. Voici quelques options spécifiques à la programmation qui peuvent être intéressantes :

syntax on               " coloration syntaxique
set showmatch        " affiche les paires de parenthese
 
" pour l'indentation
set autoindent		" copy indent from the current line to the new line
set smartindent		" automatically indent a line depending on previous line
set expandtab           " remplace les tab par des espaces
set shiftwidth=4        " indentation = 4 espaces
 
" encodage
set encoding=utf-8
 
" une abreviation
ab pcom # * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *

Pour plus d’options de configurations de (g)vim, vous pouvez voir cet article.

Bonne programmation !

Configuration de vim

Voici le contenu de mon fichier .vimrc. Cette configuration n’est pas la meilleure puisqu’elle est adaptée à ma façon de faire mais vous trouverez peut être des exemples pour construire votre propre configuration.

La fin du fichier concerne l’utilisation de vim-latex. Il s’agit d’un plugin pour vi ajoutant des fonctionnalités intéressantes pour l’écriture de fichiers latex avec vi. Ce plugin est disponible dans les dépôts ubuntu officiels ou directement sur le site du plugin.

" --------------------------------------------------------------------
"  abandonne les regles de vim anciennes versions
" --------------------------------------------------------------------
set nocompatible
set backspace=2	" pour un fonctionnement correct du backspace
 
" --------------------------------------------------------------------
"  COULEURS:
" --------------------------------------------------------------------
colorscheme default
highlight IncSearch term=underline ctermbg=LightGreen ctermfg=NONE guibg=LightGreen guifg=NONE
highlight Search term=underline ctermbg=LightGreen ctermfg=NONE guibg=LightGreen guifg=NONE
highlight Cursor guifg=white guibg=grey30 
highlight CursorLine term=underline cterm=underline guibg=#F4F4F4
highlight CursorColumn term=NONE ctermbg=grey guibg=#F4F4F4
highlight StatusLine term=reverse,bold cterm=reverse,bold gui=italic guibg=SteelBlue guifg=white
highlight StatusLineNC term=reverse cterm=reverse gui=italic guibg=grey75 guifg=SteelBlue
highlight Error gui=bold guifg=red guibg=yellow
 
" --------------------------------------------------------------------
"  RECHERCHE:
" --------------------------------------------------------------------
set hlsearch	" active surbrillance
set incsearch	" se deplace pendant la frappe
set ignorecase	" ignore la casse
 
" --------------------------------------------------------------------
"  STATUS LINE:
" --------------------------------------------------------------------
set ruler          " Affiche le numero de la ligne/colonne
set showmode       " Affiche le mode courant
set showcmd        " Affiche des commandes
set laststatus=2   " affiche la status line
set statusline=fichier:\ %m\%F\ %y\ %=\ ligne\ %l\ colonne\ %c\ --\%P\--
 
" --------------------------------------------------------------------
"  APPARENCE:
" --------------------------------------------------------------------
syntax on                    " coloration syntaxique
let fortran_free_source=1    " fortran syntax is free format (f90)
 
set visualbell t_vb=	" pas de message sonore ni visuel
			" When the GUI starts, 't_vb' is reset to its default value.
			" You have to set it again in your gvimrc
set nowrap		" pas de retour à la ligne
set textwidth=90	" coupe la ligne si elle depasse 90 caractères
set showmatch		" affiche les paires de parenthese
set cursorline		" highlight current line
set autoindent		" copy indent from the current line to the new line
set smartindent		" automatically indent a line depending on previous line
set expandtab           " remplace les tab par des espaces
set shiftwidth=4        " indentation = 4 espaces
set encoding=utf-8
" set guifont=Mono\ 9
 
" --------------------------------------------------------------------
"  SOURIS:
" --------------------------------------------------------------------
set mouse=a             " active le deplacement a la souris
 
" --------------------------------------------------------------------
"  ABBREVIATIONS ET RACCOURCIS CLAVIER:
" --------------------------------------------------------------------
ab ccom /* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * */
ab fcom ! * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
ab lcom % * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
ab pcom # * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
 
" mise a zero du champ de recherche avec F2 : supprime la surbriallance apres la recherche
nnoremap <silent> <F2> :silent noh<cr>
 
" nouvel onglet
map <C-n> <Esc>:tabnew<cr>
" navigateur de fichier
map <C-e> <Esc>:Exp<cr>
" sauvegarde
map <C-s> <Esc>:w<cr>
" tout selectionner
map <c-a> ggVG
 
" --------------------------------------------------------------------
"  ORTHOGRAPHE:
" --------------------------------------------------------------------
" set spell
" set spelllang=fr
map <F3> :setlocal spell spelllang=fr<cr>
map <F4> :set nospell<cr>
 
" --------------------------------------------------------------------
"  PLUGINS:
" --------------------------------------------------------------------
" charge le bon plugin à l'ouverture du fichier
filetype on
filetype plugin on
 
" --------------------------------------------------------------------
"  VIMLATEX:
" --------------------------------------------------------------------
" PATH: ajout dans le path pour chercher vim-latex-suite
" set runtimepath+=/usr/share/vim/addons/
 
" IMPORTANT: win32 users will need to have 'shellslash' set so that latex
" can be called correctly.
" set shellslash
 
" IMPORTANT: grep will sometimes skip displaying the file name if you
" search in a singe file. This will confuse Latex-Suite. Set your grep
" program to always generate a file-name.
set grepprg=grep\ -nH\ $*
 
" OPTIONAL: This enables automatic indentation as you type.
"filetype indent on
 
" OPTIONAL: Starting with Vim 7, the filetype of empty .tex files defaults to
" 'plaintex' instead of 'tex', which results in vim-latex not being loaded.
" The following changes the default filetype back to 'tex':
let g:tex_flavor='latex'
 
" TIP: if you write your \label's as \label{fig:something}, then if you
" type in \ref{fig: and press <C-n> you will automatically cycle through
" all the figure labels. Very useful!
autocmd FileType *.tex set iskeyword+=: 
" => conflit avec else: de python
 
" REPLIS: vim-latex replis automatiquement certaines sections et environnements
" ou commandes. La liste de ce qui doit être replié est géré par les varibales
" globales suivantes. Les replis se font en partant de la fin de la liste puis
" en remontant. Les defaut sont dans folding.vim (~/.vim/ftplugin/latex-suite/)
let g:Tex_FoldedSections="part,chapter,section,%%fakesection,subsection"
let g:Tex_FoldedEnvironments="verbatim,comment,eq,align,figure,table,tabular,tikzpicture,thebibliography,abstract,frame"
let g:Tex_FoldedMisc = 'preamble,<<<'
 
" COMPILATION VISUALISATION: par defaut on compile avec pdflatex et on utilise
" pour visualiser les pdf : evince
let g:Tex_DefaultTargetFormat="pdf"
let g:Tex_ViewRule_pdf = "evince"
let g:Tex_CompileRule_pdf="pdflatex -shell-escape -interaction=nonstopmode $*"

J’utilise les plugins :

Cargol : un code de dynamique moléculaire classique

Logo cargol

Cargol est un code séquentiel de dynamique moléculaire écrit en C. Ce code se limite à la simulation de fluides ou de solides composés de particules identiques à un seul centre de force et dont les interactions sont modélisées par un potentiel Lenard Jones. Beaucoup de codes de simulation moléculaire plus complet et bien plus efficace existent et ce code n’a pas d’intérêt dans la production de résultats scientifiques.

Le seul avantage de Cargol est sa simplicité. L’ensemble du code contient seulement une vingtaine de fonctions. On peut alors facilement soit découvrir le contenu minimum d’un code de simulation de dynamique moléculaire classique de fluides simples (conditions périodiques, listes de verlet, calcul des forces de paires, algorithme de verlet), soit utiliser le code pour développer et tester de nouvelles méthodes de simulations ou algorithme avant de les porter dans un code plus abouti. Par ailleurs il n’est pas garantie sans bugs.

Pour l’instant il n’y a pas vraiment de documentation, ça viendra peut être plus tard. Lisez le fichier README dans l’archive ci-dessous qui contient également des fichiers d’input. Toutes remarques, suggestions, conseils et retour de bugs sont les bienvenus.

Sources du code cargol (02/03/2010)

bigfiles.py : rechercher les plus gros fichiers dans une arborescence de dossier

Description :

Voici un script écrit en python qui recherche les plus gros fichiers dans une arborescence de dossiers de façon récursive. Par défaut il affiche les vingt plus gros fichiers. On peut indiquer au script le chemin d’un dossier à analyser ou encore le nombre de fichiers que l’on veut afficher. Si on donne un nombre de fichiers négatifs le script affichera la liste de tous les fichiers (attention elle peut être longue). Quelques exemples sont donnés dans la doc, vous pouvez passer l’option -h ou –help à l’exécution pour l’afficher. Tous les fichiers sont pris en considérations, y compris les fichiers cachés (commençant par un . sous linux).

Installation (sous linux) :

Téléchargez le fichier ci-dessous et donnez lui le nom que vous souhaitez, par exemple bigfiles. Placez ensuite ce fichier dans un dossier contenu dans votre PATH comme par exemple /usr/local/bin si vous avez les droits administrateur. Il ne faut pas oublier de rendre le fichier exécutable :
chmod +x bigfile. Vous pourrez ensuite exécuter bigfile depuis une console linux.

script :

bigfiles.py

#!/usr/bin/python
# -*- coding=utf-8 -*-
 
"""
BigFiles
--------
 
print the first bigest files in all subdirectories of a given path
 
SYNTAX
        bigfiles [OPTIONS] ... [PATH]
 
DESCRIPTION
        Print the first 20 bigest files in directory [PATH] and in all subdirectories of
        [PATH]. Default [PATH] is the current working directory.
 
        -h, --help
            print this help
 
        -n, --nfiles=N
            output the first N bigest files, instead if the first 20. If N is negative,
            print all files.
 
EXAMPLES
        bigfile -h
        bigfile -n 50
        bigfile ./another/directory/
        bigfile -n -1 
        bigfile -n 20 ./anotherdirectory
"""
 
__licence__ = "GPL"
__author__ = "Germain Vallverdu <germain .vallverdu@univ-pau.fr>"
 
import doctest
import os
import sys
 
KILO_OCTET = 1024
MEGA_OCTET = 1048576
GIGA_OCTET = 1073741824
TERA_OCTET = 1099511627776
 
def humanSize(taille):
    """ return a byte number in human readable format (1ko 234Mo 2Go
 
    >>> humanSize( 345)
    '345 o'
    >>> humanSize( 123478)
    '120.6 ko'
    >>> humanSize( 983435743)
    '937.9 Mo'
    >>> humanSize( 12983435743)
    '12.1 Go'
    >>> humanSize( 755812983435743)
    '687.4 To'
 
    """
    taille = float(taille)
    if taille >= TERA_OCTET:
        size = "%.1f To" % (taille / TERA_OCTET)
    elif taille >= GIGA_OCTET:
        size = "%.1f Go" % (taille / GIGA_OCTET)
    elif taille >= MEGA_OCTET:
        size = "%.1f Mo" % (taille / MEGA_OCTET)
    elif taille >= KILO_OCTET:
        size = "%.1f ko" % (taille / KILO_OCTET)
    else:
        size = "%.0f o" % taille
 
    return size
 
def BigFiles( dossier = "./", nmax = 20):
    """ print the first bigest files in all subdirectories of a given path 
 
        arguments :
            * dossier : path where you want to list bigest files
            * nmax    : maximum number of files you want BigFiles to list
    """
 
    fichier = list()
    tailleTotale = 0
    nFiles = 0
    for root, dirs, files in os.walk(dossier):
        for name in files:
            if not os.path.isfile(os.path.join(root,name)): continue
            taille = os.path.getsize(os.path.join(root, name))
            nFiles += 1
            tailleTotale += taille
            fichier.append({"nom":name, "dossier":root, "taille":taille})
 
    print("\n" + " * * * BigFiles * * *".center(80) + "\n")
    print("--------------------------------------------------------------------------------")
    print(" Analyse du dossier         : " + dossier)
    print(" Nombre de fichiers traités : " + str(nFiles))
    print(" Taille totale des fichiers : " + humanSize(tailleTotale))
    print("--------------------------------------------------------------------------------\n")
 
    # sort files and print the first nmax
    sorted_fichier = sorted( fichier, key = lambda f:f["taille"], reverse = True)
    for i, f in enumerate(sorted_fichier):
        print(str(i+1).rjust(6) + humanSize(f["taille"]).rjust(10) + f["nom"].rjust(30) + "   " + f["dossier"])
        if i == (nmax-1): break
 
if __name__ == "__main__":
    doctest.testmod()
 
    # --------------------------------------------------------
    # default values
    # --------------------------------------------------------
    dossier = "./"
    nmax = 20
 
    # --------------------------------------------------------
    # get options
    # --------------------------------------------------------
    narg = len(sys.argv)
    if narg > 1:
        args = sys.argv
        i = 1
        while i < narg:
            if args[i] == "-h" or args[i] == "--help":
                print(__doc__)
                exit(0)
            elif args[i] == "-n" or args[i] == "--nfiles":
                try:
                    nmax = int(args[i+1])
                except ValueError:
                    print("\nError : bad arguments " + args[i])
                    print("    try : " + args[0] + " --help\n")
                    exit(1)
                except IndexError:
                    print("\nError : bad arguments " + args[i])
                    print("    try : " + args[0] + " --help\n")
                    exit(1)
                i += 2
 
            elif args[i] == "-v":
                i += 1
            else:
                if i == narg - 1:
                    dossier = args[i]
                else:
                    print(args)
                    print("\nError : bad arguments")
                    print("    try : " + args[0] + " --help\n")
                    exit(1)
                i += 1
 
    BigFiles(dossier, nmax)